Vüqar Mahmudov 2017-ci ilin noyabrında həbs edilib. Vüqar Mahmudov ləğv edilmiş MTN-in Antiterror Mərkəzinin şöbə rəisinin müavini vəzifəsini tutub. De-fakto isə nazirin köməkçisi və "qara kassası” funksiyasını həyata keçirib. Polkovnik-leytenant Vüqar Mahmudov həmin nazirliyin vəzifəli şəxsləri barəsində Baş Prokurorluğun Ağır Cinayətlərə Dair İşlər üzrə İstintaq İdarəsində istintaq olunan cinayət işi üzrə təqsirləndirilən şəxs qismində cəlb edilib. İlkin olaraq ona Cinayət Məcəlləsinin 179.3.1-ci (mütəşəkkil dəstə tərəfindən mənimsəmə və ya israf etmə), 179.3.2-ci (külli miqdarda mənimsəmə və israf etmə), 182.3.1-ci (külli miqdarda əmlak əldə etmək məqsədi ilə hədə-qorxu yolu ilə tələb etmə), 182.3.2-ci (külli miqdarda əmlak əldə etmək məqsədi ilə hədə-qorxu yolu ilə tələb etmə), 341.2.1-ci (bir qrup şəxs tərəfindən, ağır nəticələrə səbəb olmaqla hakimiyyətdən sui-istifadə etmə) maddələri ilə ittiham elan olunub. Vüqar Mahmudovun barəsində 2017-ci il noyabrında Bakı Hərbi Məhkəməsinin qərarı ilə 4 aylıq həbs qətimkan tədbiri seçilib. Sonradan müddət bir neçə dəfə artırılıb. Bu ilin iyununda ona qarşı əlavə ittihamlar irəli sürülüb. Yada salaq ki, "MTN” işi üzrə zərərçəkən kimi tanınanlardan biri, iş adamı Maqsud Mahmudov "Yeni Müsavat”a açıqlamasında Vüqar Mahmudovu ondan şəxsən 170 min dollar almaqda ittiham edirdi.

V.Mahmudovun adı "Karvansaray” ticarət mərkəzinin payçılarının əlindən alınmasında da keçirdi. Payçılardan biri olmuş Elşən Kərəm "Yeni Müsavat”a bu haqda demişdi:"Karvansaray” ticarət mərkəzini Nizami Quliyev tikdirirdi. Biz də ətrafında olan payçılardan idik, ora pul qoyurduq. Eldar Mahmudov Akif Çovdarovu, Hilal Əsədovu üstümüzə göndərib əvvəlcə 20 dükan istədi. Sonradan 40 dükan aldı. Sonra isə Nizami Quliyevi 8 ay MTN-ə hər gün çağırıb üstünə qışqırır, başına oyun açırdılar. Hər gün səhər 7-də MTN-ə çağırırdılar. Saat 10-a qədər orada gözlədirdilər. Keflərinə düşəndə qəbul edib kabinetdə təhqir edir, söyürdülər, yayın ortasında kondisioneri maksimal istiliyə qoyub kabinetdən çıxırdılar. Bunu küçədə 40 dərəcə isti olanda edirdilər. Qapı bağlı olduğundan Nizami Quliyev həmin kabinetdən çıxa bilmirdi. Bütün bu işgəncələrdən sonra Nizami müəllim "Karvansaray”ın təsisçiliyindən imtina etdi. Ticarət mərkəzi Eldar Mahmudovun əmisi qızı Dilrübə Məhəmməd qızı İmranovanın adına keçirildi. Nizami müəllim Eldar Mahmudovun ona yaşatdığı dəhşətlərin sonucu olaraq ağır xəstəlik tapdı. 2016-cı ilin iyununda dünyasını dəyişdi. Bizə ən böyük pisliyi edən Eldar Mahmudov, onun ətrafı olub".